Mehl, Eier, Salz und etwas Muskat mischen. Mit einem Kochlöffel schlagen, bis der Teig Blasen wirft. 20 Minuten ruhen lassen.
In der Zwischenzeit die Zwiebeln schälen und etwa 500 g davon in feine Ringe schneiden, die restlichen Zwiebeln fein würfeln. In einer grossen Pfanne das öl erhitzen, die Zwiebelringe darin goldgelb braten, 20 g Butter zufügen, die Zwiebeln noch kurz weiter braten, dann auf ein Sieb schütten, kurz abtropfen lassen, auf Küchenpapier entfetten und salzen.
Die übrigen 50 g Butter in einer Pfanne aufschäumen. Die Zwiebelwürfel darin goldgelb rösten. Salzen und pfeffern.
Reichlich Wasser in einem grossen Topf zum Kochen bringen. Gut salzen. Den Spätzleteig in drei Portionen mit einem Spätzlehobel schnell in das Wasser hobeln. Das Wasser einmal kräftig aufkochen lassen. Die Spätzle auf ein Sieb schütten, kurz abtropfen lassen.
Die Spätzle zu den Zwiebelwürfel geben, salzen, mit reichlich schwarzem Pfeffer bestreuen. Kurz durchschwenken.
Den gesamten geriebenen Käse und die Hälfte des Schnittlauchs darüber verteilen. Der Käse sollte schmelzen und Fäden ziehen. Die Käsespätzle in eine vorgewärmte Schüssel geben. Mit den Zwiebelringen und dem restlichen Schnittlauch bestreuen. Sofort servieren.